Ekobit je 1998. godine stekao status Microsoft Solution Provider odnosno Microsoft Certified Partner, a 2002. godine je postao Microsoft Gold Certified Partner, što je najviši partnerski status koji nezavisna ICT tvrtka može ostvariti u suradnji s Microsoftom. Kroz partnerstvo s Microsoftom realiziramo zajedničke projekte unutar i izvan Hrvatske.
Svi djelatnici razvojnog odjela tvrtke Ekobit imaju certifikat Microsoft Certified Professional (MCP), a većina posjeduje i jedan od naprednijih certifikata poput Microsoft Certified Systems Engineer (MCSE), Microsoft Certified Professional Developer (MCPD), Microsoft Certified Solution Developer for .NET (MCSD.NET) te Microsoft Certified DataBase Administrator (MCDBA).
Posebno su vrijedni certifikati iz područja upravljanja projektima kao što je Project Management Professional (PMP) ili priznanja koja se dodjeljuju vrlo malom broju vrhunskih stručnjaka uz stroge kriterije kao što je Most Valuable Professional (MVP).
S početkom 2007. godine Ekobit je postao Microsoft Visual Studio Industry Partner (VSIP) Alliance Member zahvaljujući profesionalno razvijenim aplikacijama koje predstavljaju nadogradnju Microsoftovog Visual Studia, glavnog razvojnog alata na Microsoftovim platformama.
